胎兒腎囊腫的病因尚不完全清楚，一般情況下和基因突變、胎兒腎盂輸尿管連接部梗阻等因素有關。

1.基因突變

某些基因突變可能導致腎臟發育異常，從而引起腎囊腫的形成。

2.胎兒腎盂輸尿管連接部梗阻

這是導致胎兒腎囊腫的常見原因之一。如果胎兒的腎盂輸尿管連接部發生梗阻，尿液排泄不暢，就會導致腎盂擴張和腎囊腫的形成。

需要注意的是，大多數胎兒腎囊腫是良性的，不會對胎兒的健康產生嚴重影響。然而，在某些情況下，腎囊腫可能會導致腎臟功能受損或其他并發癥。所以，對于發現胎兒腎囊腫的孕婦，醫生通常會進行密切的監測和評估，以確保胎兒的健康。