孕40天有褐色分泌物，可能是多種原因導致的，包括著床出血、先兆流產、宮外孕等。

1.著床出血

在受精卵著床過程中，可能會有少量出血，一般表現為短暫的、輕微的褐色分泌物，通常無需特殊處理。

2.先兆流產

這是比較常見的原因之一，可能由于胚胎自身發育問題、母體黃體功能不足、子宮異常、感染等因素引起。此時往往伴有下腹墜脹、疼痛等不舒服的癥狀。

3.宮外孕

宮外孕是指胚胎在子宮腔外著床發育，如輸卵管等部位。隨著胚胎生長，可能導致局部破裂出血，出現褐色分泌物的同時，常伴有一側下腹劇烈疼痛，嚴重時可引起休克。