男性尿道炎的治療很重要也很復雜，臨床上主要采取以下藥物進行治療。
(一)四環素類
(1)四環素
每次500毫克，每日4次，共用14日，口服。四環素對沙眼衣原體、解脲支原體和人型支原體均顯示滿意的效果。如果用藥14日后，仍分離有沙眼衣原體或支原體，可再給予第2個療程。四環素好在空腹時服用，以使吸收良好，不要同時飲牛奶或奶制品，也不要與抗酸藥物和含鐵、鎂、鈣、鋁等多價金屬的藥物同時服用。副作用為惡心、嘔吐等消化道反應，少數可引起腸炎。同時，所有四環素類藥物均可引起光敏性皮炎。
(2)強力霉素
每次200毫克，每日2次，共用14日，口服。此藥受食物和金屬離子的影響較少，消化道反應也較輕。
(3)美滿霉素
每次100毫克，每日2次，共用14日，首劑量加倍。副作用有頭暈、眼花、運動失調，可逆性前庭反應及惡心、嘔吐、食欲下降等消化道反應，尤其是服藥的頭幾天較多見。
(二)大環內酯類
(1)紅霉素
每次500毫克，每日4次，共用14日，口服。對沙眼衣原體、解脲支原體效果好，而對人型支原體無效。空腹服藥和大量飲水有助吸收，但胃腸道副作用較大。臨床上，紅霉素是治療非淋菌性尿道炎的一線藥物，對解脲支原體性尿道炎較四環素更顯優勢。
(2)交沙霉素
每次400毫克，每日4次，共用14日，口服。抗菌譜和抗菌活性與紅霉素相近，胃腸道副作用較紅霉素輕。
(3)利菌沙
每次500毫克，每日4次，共用14天，口服。
(4)羅紅霉素
每次150毫克，每日2次，共用14日，口服。
(三)喹喏酮酸類
如氟嗪酸、悉復歡等，慢性前列腺炎患者在系統治療同時，可結合前列腺按摩。
