根據肝癌的不同階段酌情進行個體化綜合治療，是提高療效的關鍵;治療方法包括手術、肝動脈結扎、肝動脈化療栓塞、射頻、冷凍、激光、微波以及化療和放射治療等方法。生物治療，中醫中藥治療肝癌也多有應用。
1.手術治療
手術是治療肝癌的首選，也是有效的方法。手術方法有：根治性肝切除，姑息性肝切除等。
對不能切除的肝癌可根據具體情況，采用術中肝動脈結扎、肝動脈化療栓塞、射頻、冷凍、激光、微波等治療有一定的療效。原發性肝癌也是行肝移植手術的指征之一。
2.化學藥物治療
經剖腹探查發現癌腫不能切除，或作為腫瘤姑息切除的后續治療者，可采用肝動脈和(或)門靜脈置泵(皮下埋藏灌注裝置)作區域化療栓塞;對估計手術不能切除者，也可行放射介入治療，經股動脈作選擇性插管至肝動脈，注入栓塞劑(常用如碘化油)和抗癌藥行化療栓塞，部分患者可因此獲得手術切除的機會。
3.放射治療
對一般情況較好，肝功能尚好，不伴有肝硬化，無黃疸、腹水、無脾功能亢進和食管靜脈曲張，癌腫較局限，尚無遠處轉移而又不適于手術切除或手術后復發者，可采用放射為主的綜合治療。
4.生物治療
常用的有免疫核糖核酸、干擾素、白細胞介素-2、胸腺肽等，可與化療聯合應用。
5.中醫中藥治療
采取辨證施治、攻補兼施的方法，常與其他療法配合應用。以提高機體抗病力，改善全身狀況和癥狀，減輕化療、放療不良反應。
