然而，并非所有卵巢囊腫都是PCOS，也并非所有PCOS患者都會發生卵巢多處小囊腫。診斷中還應考慮月經紊亂或周期延長，以及雄激素水平升高等因素。
闌尾炎
闌尾炎典型癥狀包括惡心、疼痛、臍周壓痛或伴有低燒。然而，有些病人闌尾朝后，位置不同，癥狀不一。有時病人感覺疼痛，但隨后闌尾破裂，疼痛緩解，病人感覺好轉。
其實闌尾破裂容易導致腹腔感染，甚至會危及生命。
子宮內膜異位
子宮內膜異位的癥狀也就是肚子疼，所以很容易被錯診為痛經不調。然而，子宮內膜異位患者常出現骨盆疼痛、痙攣以及大量出血等癥狀，并且時間越長，癥狀越重。
骨盆檢查、超聲波或腹腔鏡檢查有助明確診斷。
纖維肌痛
該病的特點是廣泛性肌肉骨骼疼痛。風濕病專家常將此類病人診斷為纖維肌痛，而胃腸病學專家則容易將其錯診為腸易激綜合征。
多發性硬化癥
多發性硬化癥的初始癥狀通常包括：四肢中一個或多個出現麻木、乏力或刺痛。然而，由于患者病情嚴重程度大不相同，該病實際診斷過程中情況更加復雜。
一旦醫生懷疑患者可能罹患多發性硬化癥，好進行脊椎穿刺或核磁共振確認。
紅斑狼瘡
這種慢性炎性疾病具特色的標志是病人臉頰上的蝴蝶狀皮疹，但并非所有病人都會出現皮疹。紅斑狼瘡的病癥呈現多樣性，可影響到關節、腎臟、大腦、皮膚、肺臟等多個組織，癥狀也可能與多種疾病相似。該病診斷過程中常涉及血檢、尿檢及完整查體。
感冒容易被誤診
病毒性肝炎
這是一種常見的傳染病，起病時癥狀很像感冒，如發熱、乏力、食欲不振等。肝炎后期會出現惡心、嘔吐、乏力等癥狀。有些患者還可出現黃疸、尿黃、肝區疼痛或隱痛等。
