根據(jù)臨床小腦癥狀、錐體外系癥狀、自主神經(jīng)癥狀、錐體束征、腦干損害(眼外肌癱瘓)、認知功能障礙等臨床表現(xiàn)，結(jié)合病理檢查可初步診斷。但在多系統(tǒng)萎縮的不同階段，尚需注意與帕金森病、進行性核上性麻痹、皮質(zhì)基底節(jié)變性、伴有Lewy小體的癡呆等疾病鑒別。

　　1、血管性帕金森綜合征

　　雙下肢癥狀突出的帕金森綜合征，表現(xiàn)為步態(tài)紊亂，并有錐體束征和假性球麻痹。

　　2、進行性核上性麻痹

　　特征表現(xiàn)有垂直性核上性眼肌麻痹，特別是下視麻痹。

　　3、皮質(zhì)基底節(jié)變性

　　有異己手(肢)綜合征、失用、皮質(zhì)感覺障礙、不對稱性肌強直、肢體肌張力障礙、刺激敏感的肌陣攣等有鑒別價值的臨床表現(xiàn)。

　　4、Lewy體癡呆

　　肌強直較運動緩慢和震顫更嚴重，較早出現(xiàn)的認知功能障礙，特別是注意力和警覺性波動易變最突出，自發(fā)性幻覺、對抗精神病藥物過度敏感，極易出現(xiàn)錐體外系等不良反應。

　　5、其他

　　應與多種遺傳性和非遺傳性小腦性共濟失調(diào)相鑒別。其他如排尿性暈厥，神經(jīng)癥、脊髓小腦變性、多發(fā)性硬化等。

　　鑒別方法：

　　如與其他變性病有疊加，注意鑒別。

　　1、直立性低血壓

　　當人體處于直立體位時，由于調(diào)節(jié)和維持正常血壓的神經(jīng)或心血管系統(tǒng)功能障礙，無法使血壓隨體位發(fā)生相應的變化所出現(xiàn)的低血壓狀態(tài)，臨床特征：血壓在直立后7min內(nèi)突然下降，大于15mmHg，伴有腦供血不足的癥狀，直立性低血壓的發(fā)病率占總?cè)丝诘?%，老年患者的33%。

　　主要分為：特發(fā)性(合并有自主神經(jīng)系統(tǒng)癥狀);繼發(fā)性(繼發(fā)各種神經(jīng)系統(tǒng)疾病);以及體位調(diào)節(jié)障礙(血管抑制性暈厥)，一般不合并膀胱和直腸功能障礙。

　　2、帕金森病

　　綜合過去的尸解結(jié)果，臨床診斷為原發(fā)性帕金森病的患者中，有5.1%～11%尸解證實為MSA，1995年Wenning報道英國帕金森病腦庫中370例生前有帕金森綜合征臨床表現(xiàn)的腦標本中，經(jīng)神經(jīng)病理學檢查35例符合MSA的病理診斷(9.5%)，這些患者的平均發(fā)病年齡為55歲，生前均表現(xiàn)為帕金森綜合征;自主神經(jīng)受累者占97%;小腦性共濟失調(diào)者占34%;有錐體束征者占54%;平均存活7.3年(2.1～11.5年)，提示在臨床診斷為特發(fā)性帕金森病的患者中，有將近10%的患者病理學檢查結(jié)果證實符合MSA的診斷標準。

　　另外注意與家族性OPCA，進行性核上性麻痹，皮質(zhì)基底核變性，伴有Lewy小體的癡呆等鑒別。