早期的心內膜心肌活檢組織形態學研究中由于診斷標準不一致，病毒性心肌炎在心肌活檢中的檢出率存在著較大的差異，約為0%-62%。專家制定了診斷心肌炎的Dallas標準，首次將心肌炎按心內膜心肌活檢的組織形態學診斷分為三種類型。
有明顯的心肌細胞壞死及(或)變性，間質炎細胞浸潤減少，伴或不伴間質纖維化，此改變為明確的心肌炎。
光鏡下未發現明確的心肌損傷征象，炎癥細胞浸潤較少，此改變為臨界性心肌炎，需要重復進行心內膜心肌活檢。
光鏡下心肌組織形態學正常，證明無心肌炎。
隨訪的心內膜心肌活檢組織形態學診斷分為三級：
與前次心內膜心肌活檢比較，炎細胞浸潤及心肌細胞變性與壞死無緩解或加重，伴或不伴間質纖維化，為持續進展性心肌炎。
與前次心內膜心肌活檢比較，炎細胞浸潤明顯減輕，可見心肌組織修復痕跡，伴或不伴間質纖維化，為恢復期心肌炎。
與前次心內膜心肌活檢比較，炎細胞浸潤消失，病灶修復，可見明顯灶性或融合性或彌漫性間質纖維，為已愈合心肌炎。
出現急性臨床癥狀時進行心內膜心肌活檢尤為重要，宜在急性病毒感染之后6周內進行心內膜心肌活檢，由于本病的病理特點，多部位取材尤為重要。
通過心肌活檢組織形態學定量與半定量分析可以判定心肌炎的炎癥恢復階段及病變程度等，對正確判定預后以及指導臨床治療等起重要的作用。