小兒消化系統所作的檢查包括內鏡(一種光纖管，醫生可通過它觀察內部結構和取得一些組織標本)、X線、超聲波掃描、放射性示蹤檢查以及化學測定法。這些檢查能幫助診斷和定位病變，有時還能起到治療作用。一些檢查需要事前清洗腸道中的糞便，一些需要禁食8～12小時，也有一些則不需要作任何準備。小兒消化系統要做哪些檢查呢?
鋇餐檢查是讓病人吞鋇劑來檢查食管的一種常用方法。檢查時，醫生采用X線透視，即一種連續照射X線的技術，在鋇劑經過食管時，鋇能被觀察到或被照像。X線透視使醫生能觀察到食管的收縮和任何解剖缺陷，如像梗阻或潰瘍。通常，這些影像都會被記錄為照片或錄像帶。
除液體狀鋇劑外，還可使用鋇包裹的食物來檢查，這樣能確定梗阻部位或觀察到不能正常收縮的食管部位。這兩種鋇劑合用則能顯示一些異常，如食管蹼(食管部分地被纖維組織所阻隔)、岑克爾憩室(食管的一種突出囊袋)、食管糜爛和潰瘍，以及食管靜脈曲張(食管粗大的靜脈)和腫瘤。
壓力測定即在食管中放入表面有壓力測定裝置的測壓管，通過此裝置可以確定食管的收縮能否正常地推進食物。
食管pH測定即測定食管中的酸度，能在測壓的同時進行，可檢查出病人有無酸返流(胃酸返流到食管)，可作一點或多點測定。
食管滴酸試驗即將小量酸經鼻胃管滴入食管，以了解病人胸痛是否由食管的酸刺激所致，這是探查食管炎癥(食管炎)的一種好方法。