小兒神外的鑒別診斷首先要根據患兒的臨床表現，如有無發作性、一過性、反復性的特點，以及發作時的具體表現判斷是否有癲癇的可能性，然后通過腦電圖以及其它輔助檢查，診斷是否為癲癇。如果明確為癲癇，則要進行癲癇的發作分類以及癲癇綜合征的分類;然后要進一步查找癲癇的病因。
需要強調的是并非所有發作性疾病都是癲癇，甚至小孩出現抽搐發作也不一定是癲癇。需要與其他發作性疾病相鑒別。
1.代謝或內分泌異常：可以出現非癲癇性驚厥，如低血糖、低鈣血癥等，患兒可以出現抽搐，但糾正代謝紊亂后發作消失，故此類疾病不診斷為癲癇。
2.腦炎：在病毒性腦炎、細菌性腦膜炎、真菌性腦膜炎、免疫性腦炎等中樞神經系統炎癥性疾病的急性期，會出現驚厥發作，如果腦炎痊愈后驚厥消失，則不診斷為癲癇，如果痊愈后仍有驚厥發作，則診斷為繼發性癲癇。
3.暈厥：為一過性腦供血不足導致的短暫的意識喪失，如心源性暈厥、血管迷走性暈厥，不屬于癲癇。
4.運動障礙：有一類錐體外系疾病，表現為肢體異常運動與姿勢，如肌張力不全、舞蹈手足徐動、小兒抽動癥等。另有一類陣發性運動功能障礙性疾病，如陣發性運動源肌張力不全舞蹈手足徐動、陣發性非運動源運動障礙、陣發性運動誘發肌張力不全等，需要與癲癇相鑒別。
5.嬰兒一過性行為：如點頭、咬牙、全身用力等，發作時腦電圖正常，不屬于癲癇。
6.睡眠障礙：睡眠中出現的異常行為，如夢魘、夜驚、夢游等，不屬于癲癇;發作性睡病，表現為睡眠增多、大笑猝倒、睡眠癱瘓、幻覺等，易于誤診為癲癇失張力發作、肌陣攣發作，但其腦電圖無癲癇樣放電，而表現為睡眠周期異常，可供鑒別;睡眠肌陣攣，為睡眠過程中肢體不自主抽動，屬于正常的生理現象。
7.心理、行為問題：如情感交叉擦腿綜合征、癔癥等。