抗子宮內膜抗體的產生有兩方面
一方面是因為異位子宮內膜刺激系統;另一方面是機體的免疫系統失常(自身免疫缺陷)。
異位的子宮內膜具有抗原性，可誘導機體產生抗子宮內膜抗體。當抗原抗體結合后，可沉積于子宮內膜和異位的病灶中，通過激活補體，破壞子宮內膜結構。
人工流產刮宮時，胚囊也可能作為抗原刺激機體產生抗體。
當女性子宮內膜有炎癥時，也可能轉化成抗原或半抗原，刺激機體自身產生相應的抗體。
正常機體具有自身免疫調節功能，產生極弱的自身抗體，幫助清除體內衰老變性的自身成分，一旦由于某種原因導致免疫系統對自身組織產生過度免疫應答，則會發生過強的一系列免疫反應，致使所侵及的組織免疫活性細胞增多，免疫復合物沉積，而導致功能改變。當這種抗子宮內膜抗體由于反復刺激而大量產生達到一定的含量時，可與自身的子宮內膜組織發生抗原抗體結合反應，并激活免疫系統引起損傷性效應，造成子宮內膜組織細胞生化代謝及生理功能的損害，干擾和妨礙精卵結合，受精卵的著床和胚囊的發育而導致不孕或流產。
抗子宮內膜抗體引起的免疫性疫不孕是相對概念，是指免疫使生育力降低，暫時導致不孕。不孕狀態能否持續取決于免疫力與生育力間的相互作用，若免疫力強于生育力，則不孕發生，如后者強于前者則妊娠發生。不孕常有多種因素同時存在，免疫因素也可作為不孕的唯一原因或與其他病因并存。