需與下列疾病鑒別，尤其對產前感染性肺炎更屬重要。
1、肺透明膜病 由于缺乏肺表面活性物質，呼吸困難發生在出生后12小時以內，逐漸加重，病情進展較產前肺炎稍慢。但這兩種疾病常不易從臨床、X線片以及病理上鑒別，因此對肺透明膜病也可試作產前感染性肺炎(特別是B組鏈球菌肺炎)治療，采用較大劑量青霉素。
2、缺氧缺血性腦病 在足月兒本癥多由于窒息引起，在早產兒則不一定有缺氧史。發病開始即出現呼吸不規則，肌張力增高或降低，有時發生驚厥，但產前肺炎起病稍晚，神經系統癥狀較少。
3、先天性心臟病 一般需與復雜的先心或出生后不久即出現青紫的先心鑒別。先心在生后數天內出現呼吸增快或青紫，心臟有時可聽到雜音，而肺部無啰音，胸部X線片可資鑒別。
4、橫膈疝 腹腔內臟經過疝孔進入胸腔，壓迫心肺，引起肺發育不良，出現氣促，胸部X線片可幫助鑒別。
5、巨細胞病毒引起的肺炎 起病緩慢，癥狀有發熱、干咳、氣促、胸部X線片為典型的間質性肺炎，這些和衣原體肺炎相似，但巨細胞包涵體病患兒肝脾腫大明顯，有時伴黃疸。