急性感染性腹瀉患者于常規做細菌培養的同時，如懷疑有病毒感染可能者應做糞便病毒分離和特異性的血清病毒抗體檢測，必要時用電鏡判明病毒病原的性質。
急性腹瀉恢復期
對早期有膿血便和病原陽性的患者，可做乙狀結腸鏡檢;對治療不順利或有慢性化趨向者，鏡檢有陽性發現者可進行活體組織檢查。
慢性腹瀉患者一般宜先行直腸或乙狀結腸鏡檢查，必要時做纖維結腸鏡或纖維小腸鏡檢查，對所見腸道粘膜的炎癥性或贅生性病變等具有肯定的診斷價值。懷疑膽道和胰腺病變時，做內鏡逆行胰膽管造影(ERCP)有重要價值。
X線鋇餐、鋇灌腸檢查和腹部平片，可顯示胃腸道病變，運動功能狀態，膽石、胰腺或淋巴結鈣化或部分腸梗阻等病變。對消化道有無器質性病變和病變部位，常有明確診斷價值。
B超、CT或MRI(核磁共振)常可了解肝、膽、胰等內臟病變，對癌和消化系腫瘤引起的腹瀉尤有價值。