根據臨床表現易做出臨床診斷。需判定有無脫水、酸中毒和電解質紊亂。根據大便常規有無白細胞可將腹瀉分為兩組：
1.大便無或偶見少量白細胞者
為病毒、非侵襲性細菌、寄生蟲等腸道內、外感染或喂養不當等引起的腹瀉，多為水瀉，有時伴脫水癥狀，應與下列疾病鑒別：
(1)“生理性腹瀉”
多見于6個月以內嬰兒，外觀虛胖，常有濕疹，生后不久即出現腹瀉，無其他癥狀，不影響生長發育。添加輔食后，大便即逐漸轉為正常。
(2)乳糖不耐受
乳糖酶缺乏，過敏性腹瀉等。
2.大便有較多的白細胞者
常為各種侵襲性細菌感染所致，大多伴不同程度的全身中毒癥狀。需與下列疾病鑒別：
(1)細菌性痢疾
常有流行病學病史，起病急，全身癥狀重。便次多，量少，排膿血便伴里急后重，大便鏡檢有較多膿細胞、紅細胞和吞噬細胞，大便細菌培養有志賀痢疾桿菌生長可確診。
(2)壞死性腸炎
中毒癥狀較嚴重，腹痛、腹脹、頻繁嘔吐、高熱，大便暗紅色糊狀，漸出現血便，常伴休克。腹部立、臥位X線攝片呈小腸局限性充氣擴張，腸間隙增寬，腸壁積氣等。