有很多女性都正在或者曾經受到過巧克力囊腫的折磨，可以說這是一種危害較大的疾病，而且疾病發作時的癥狀比較劇烈，患者往往會有劇烈疼痛的表現。那么如何治療巧克力囊腫呢?有保守治療和手術治療兩種方法。
1、保守治療
保守治療一般是指使用藥物進行治療，這樣的藥物也較多。通過藥物作用讓病人暫時停經3～6個月，卵巢內子宮內膜也不會出血，這樣卵巢內的囊腫就可能縮小。絕經期間，痛經等癥狀可以完全消失，但是想讓卵巢內的巧克力囊腫完全消失不太可能，停藥后仍有復發的可能。
2、手術治療
對于一些患者來說，采用手術治療是最好的治療方法，尤其是囊腫較大的患者。腹腔鏡微創手術是一個可以根治此病的方法。巧克力囊腫患者,有痛經、性交痛、經血改變和不育等麻煩。因此及早治療是很關鍵的。腹腔鏡微創技術是一種無痛、無創、副作用小、恢復快的技術，也是目前最受卵巢巧克力囊腫所親睞的一種技術。
由此可見，在治療巧克力囊腫方面到底是采用藥物治療還是手術治療要看患者的情況而定，一般藥物治療不太可能徹底根治，而只是起到一個緩解病情的作用，要想徹底治愈巧克力囊腫，最終一般還是要進行手術治療。