本病為遺傳性疾病。其遺傳方式有 常染色體隱性、顯性和性連鎖 隱性三種，以隱性遺傳最多(70-90%);顯性遺傳次之(3-20%);性連鎖遺傳最少(10%);目前認為，常染色體顯性遺傳型至少有兩個基因座位，位于第一號染色體短臂與第三號染色體長臂。性連鎖遺傳基因位于X染色體短臂一區一帶和二區一帶。
關于發病機理在近20-30年來，有有一些新的認識。病理生理方面，發現視網膜色素上皮細胞對視細胞外節盤膜的吞噬消化功能障礙，致使外節盤膜崩解物殘留，堆積形成一層障礙物妨礙營養物質從脈絡膜到視網膜的轉運，從而引起視細胞的進行性營養不良及逐漸變性和消失。這個過程已在一種有原發性視網膜色素變性的RCS鼠視網膜中得到證實。
至于視網膜色素上皮細胞吞噬功能障礙的原因，目前還不清楚，可能與基因異常、某些酶的缺乏及代謝障礙有關。在免疫學方面，發現本病患者體液免疫、細胞免疫均有異常，玻璃體內有激活的T細胞、B細胞與巨噬細胞，視網膜色素上皮細胞表達HLA-DR抗原，正常人則沒有這種表現。同時也發現本病患者自身免疫現象，但目前對本病是否為自身免疫病尚缺乏充分依據。在生化方面，發現本病患者脂質代謝異常，視網膜中有脂褐色的顆粒聚積;鋅、銅、硒等微量元素及酶代謝有異常。因此本病的產生可能存在多種的發病機理。