及早開始的抗生素治療與支持性治療使急性細菌性腦膜炎的死亡率降低到10%以下。不過，若治療延遲，或發生在老年人或新生兒中，則腦膜炎往往致命。周圍血象中白細胞計數的降低是預后不良的標志。持續的白細胞減少癥，治療的延誤以及Waterhouse-Friderichsen綜合征的發生都使存活的機會減少。幸存者偶爾可表現出顱神經受損或腦梗死的體征，反復的抽搐發作，或精神發育遲緩。
在腦膜炎雙球菌性腦膜炎發生流行時，為防止在密集人群中發生流行，可應用腦膜炎雙球菌疫苗。病人家屬，醫護人員或其他與病人有密切接觸者都應采取預防性治療，利福平連用48小時(成人600mg，每12小時1次;兒童10mg/kg，每12小時1 次;<1個月的嬰兒，5mg/kg，每12小時1次)。米諾環素(minocycline)不太適宜作預防性用藥，因為可引起前庭功能不良反應。針對B型流感嗜血桿菌的疫苗可保護年齡只有2個月的嬰兒。與B型流感嗜血桿菌性腦膜炎病例有過密切接觸的兒童與成人都應接受口服利福平的治療，20mg/(kg.d)(每天總量不得超過600mg)，連用4天。