據說蛀牙和牙周病分別由蛀牙菌和牙周病菌引起。但即便是蛀牙菌，也是由變形鏈球菌等多種細菌共同構成的，牙周病菌也是如此。口腔中有300種以上的細菌被稱作“口腔常在菌”，其中很多細菌都相互關聯
1889年，威洛比·D·米拉(Willoughby·D·Miller)就蛀牙產生的原因發表了“米拉的化學細菌說”。在此之前，人們認為蛀牙就是有蟲子在咬噬牙齒，但無法確定是哪種細菌導致了蛀牙，米拉的學說可謂劃時代的貢獻。l955年以后，實現了無菌狀態下動物的飼養，被認為是蛀牙成因的細菌也因此被找到。如果給實驗鼠喂食含有砂糖的飼料，老鼠就會長蛀牙，但是給無菌條件下飼養的實驗鼠喂食這種飼料，老鼠就不會長蛀牙。通過這個實驗，人們發現了數種蛀牙菌，其中最引人注目的是變形鏈球菌。
為什么這么長時間以來，唯有蛀牙的病原菌無法確定呢?原因在于導致蛀牙的細菌一一常在菌每個人口中都有。我們需要將結核病與一般的感染癥區別開來。結核病是由于人體感染了通常情況下體內沒有的細菌所導致的。常在菌通常情況下是無害的，甚至有時還能起到防止有害菌入侵的作用。但有一部分細菌會突然活躍，對身體產生危害，這種情況叫做“免疫缺陷性感染”。
常在菌
日常存活在人體陶的細菌叫做“常在菌”。常在菌存在于皮膚、口腔、氣管、腸道等處，在與外界接觸的地方保護著人類。
原本細菌是在人類出現以前就存活在地球上的生物，這些細菌相互斗爭，尋找著適宜生存的地方。隨后出現了植物、動物和人，一部分定居在人類皮膚和腹中的細菌與人結成了共榮共存的關系，這些就是常在菌。
口腔中也有常在蔚。人體內溫度適中，且有穩定食源，是細菌存活的好地方。人類每天吃的食物中無法消化的成分是常在菌壬要的食物來源，所以，在人體腸內存活的常在菌可以帑助人體消化原本無法消化的食物。