1、牙痛
三叉神經痛常誤診為牙痛，牙病引起的疼痛為持續性疼痛，多局限于齒齦部，局部有牙痛及致病病變，X線及牙科檢查可以確診。
2、副鼻竇炎
如額竇炎、上頜竇炎等，為局限性持續性痛，可有發熱、鼻塞、濃涕及局部壓痛等。
3、青光眼
單側青光眼急性發作誤診為三叉神經第1支痛，青光眼為持續性痛，不放射，可有嘔吐，伴有球結合膜充血、前房變淺及眼壓增高等。
4、顳頜關節炎
疼痛局限于顳頜關節腔，呈持續性，關節部位有壓痛，關節運動障礙，疼痛與下頜動作關系密切，可行X線及專科檢查協助診斷。
5、偏頭痛
疼痛部位超出三叉神經范圍，發作前多有視覺先兆，如視力模糊、暗點等，可伴嘔吐。疼痛為持續性，時間長，往往半日至1-2日。
6、三叉神經炎
病史短，疼痛呈持續性，三叉神經分布區感覺過敏或減退，可伴有運動障礙，在受累的三叉神經分支有明顯壓痛。神經炎多在感冒或副鼻竇炎后等發病。
7、小腦腦橋角腫瘤
疼痛發作可與三叉神經痛相同或不典型，但多見于30歲以下青年人，多有三叉神經分布區感覺減退，并可逐漸產生小腦腦橋角其他癥狀和體征。
以膽脂瘤多見，腦膜瘤、聽神經鞘瘤次之，后兩者有其他腦神經受累，共濟失調及顱內壓增高表現較明顯。X線片、CT顱內掃描及MRI等可協助確診。
8、腫瘤侵犯顱底
最常見為鼻咽癌，常伴有鼻衄、鼻塞，可侵犯多數腦神經，頸淋巴結腫大，作鼻咽部檢查檢查、活檢、顱底X線檢查，CT及MRI檢查可確診。
9、舌咽神經痛
易于三叉神經第3支痛相混，舌咽神經痛的部位不同，為軟腭、扁桃體、咽舌壁、舌根及外耳道等處。疼痛由吞咽動作誘發。用1%潘妥卡因或可卡因等噴咽區后疼痛可消失。
10、三叉神經半月節區腫瘤
可見神經節細胞瘤，脊索瘤，麥氏窩腦膜瘤等，可有持續性疼痛，病人三叉神經感覺、運動障礙明顯。顱底X線可能有骨質破壞等改變。
11、面部神經痛
多見于青年人，疼痛超出三叉神經范圍，可延及耳后、頭頂、枕頸，甚至肩部等。疼痛持續性，可達數小時，與動作無關，不怕觸摸，可為雙側性疼痛，夜間可較重。