根據病人的特點，一般判斷病人為三叉神經痛，應排除以下疾病，以避免造成誤診。
牙痛
三叉神經痛常被誤診為牙痛，有拔牙史。牙痛為持續性，多局限于齒齦部，不因外來因素而加劇或誘發。
三叉神經炎
可由多種疾病引起，疼痛為持續性，壓迫神經分支處可加劇，病程也相對較短。
舌咽神經痛
是由顱內的另一支神經(舌咽神經)引起，疼痛部位在舌根，軟腭、咽部等。常在進食、吞咽、說話時誘發。在咽部噴涂表面麻醉劑可止痛。
蝶腭神經痛
可能與鼻竇感染有關。發作時病側鼻粘膜充血、阻塞，流淚。做蝶腭神經節封閉有效。
繼發性三叉神經痛
病因主要為顱內三叉神經根本身或周圍有腫瘤或血管畸形等，對神經造成刺激、壓迫所致。病人的表現一般沒有特異性。因此當患者診斷為三叉神經痛時，最好應做頭顱CT或核磁共振檢查以排除顱內其他病變，避免延誤治療。