先心病的治療費用與患兒的病情輕重、年齡和手術中使用的材料有關。患兒年齡小、病情復雜，為保障手術安全，需使用的材料如人工肺、超濾器等要求較高，目前選用進口材料較為合適;同時，術中、后治療難度大，因此，治療費用相對較高;而年齡大、病情輕而不使用進口手術材料者，費用相對較低。因此，不同情況，治療費用不同。因此，選擇治療醫院，不能單純對比治療費用高低，而應根據專業水平高低，手術安全性，治療效果和治療成功率綜合選擇。
隨著介入技術,特別是心臟外科微創介入技術的發展，一些常見先心病可通過介入技術得到有效治療，介入治療有創傷少、不需輸血，恢復快、美觀的優點。目前對介入治療效果較好、技術成熟的先心病包括動脈導管未閉、房間隔缺損、肺動脈瓣狹窄、某些部位的室間隔缺損。但每一種方法都有其適應癥和優缺點，應根據利弊大小而選擇。
先心病尤其是一些嚴重復雜畸形經常發生肺炎、心功能不全、生長發育遲緩等并發癥，臨床上經常遇到的是將心功能不全誤作肺炎進行長期治療，或試圖增加營養等手段改善體質后在進行手術治療。但由于許多病情是由于心臟本身病變所致，不從根本上治愈先心病，這些病狀是不能得到改善的，反而延誤治療。在心血管內外科醫生共同研究后制定治療方案是最佳方法，必要時需急診進行手術方能挽救患兒生命。