小兒肝臟富含血液，肝實質分化不全，容易充血，故病毒、藥物中毒、血循環障礙時肝臟易增大。對感染和中毒的抵抗力差，容易發生變性、壞死。小兒肝硬化的病因多為感染性，但由于先天性膽道梗阻、遺傳性及代謝異常發生者較成人為多。
1.感染
乙型肝炎近年來流行日益增多，小兒發病率亦不斷增高，由它發展成壞死后性肝硬化者已不少見。新生兒肝炎、巨細胞病毒肝炎、瘧疾、金黃色葡萄球菌敗血癥、大腸桿菌胃腸炎所致的中毒性肝炎、肝臟真菌感染，都可導致肝硬化。寄生蟲感染中，血吸蟲病、華支睪吸蟲病亦可引起肝硬化，但兒童由寄生蟲感染引起者較成人為少。
2.肝外膽管梗阻
多為先天性，見于先天性膽道發育不全(如狹窄或膽總管囊狀擴大)，胰腺囊性纖維化病，重度黃疸引起膽汁濃縮而使膽道阻塞。肝葉腫物壓迫亦可致梗阻。
3.遺傳性或先天性代謝缺陷
如肝豆狀核變性、半乳糖血癥、α1抗胰蛋白酶缺乏癥、糖原代謝病Ⅳ型也可發展為肝硬化。
4.化學及藥物中毒
砷、磷、鉍、四氯化碳、氯仿、辛可芬、毒蕈中毒時，均可導致壞死后性肝硬化。
5.循環障礙
小兒較少見，如心源性、肺源性及門靜脈的血循環障礙、遺傳性出血性毛細血管擴張癥也可導致肝硬化。
6.其他
有些肝硬化原因還不太清楚，如印度兒童期肝硬化的病死率高。近年來認為與遺傳因素或與營養缺乏、感染有關。