1、微生物感染(10%)
各種病原微生物的感染，如病毒、細菌、寄生蟲、原蟲等，其中以肝炎病毒最為重要。藥物和毒物的損害，由于人類接觸化學物質和藥物的機會越來越多，故藥物性和中毒性疾病也相應增加。
2、代謝異常(5%)
代謝異常，由于肝臟是物質代謝的中心，任何一種物質代謝都與肝臟密切相關，如膽色素代謝異常可致黃疸、脂肪代謝異常可致脂肪肝、銅代謝異常引起豆狀核變性等。
3、環境因素(70%)
目前認為肝臟疾病中約70%是由病毒、化學物質、酒精(或營養不良)三大環境因素所致。
4、遺傳(15%)
約15%是與代謝或其他先天異常的遺傳因素有關。
5、病理改變：歸納為六個方面
①肝細胞變性壞死導致細胞形態和功能的異常。
②膽汁淤滯，既可由肝細胞破壞分泌膽汁的功能障礙，也可由膽道梗阻所致，病理上主要表現為肝細胞內和膽管系統內膽色素沉著和膽栓形成。
③肝實質內炎性反應，表現為匯管區為主的炎細胞浸潤、庫普弗氏細胞增生以及肉芽腫形成等。
④間質纖維組織增生，尤其是慢性肝炎時，以匯管區為中心肝間質纖維組織增生，可互相延伸、連接。原有肝小葉破壞、分隔、改建，逐步發展為肝硬變，導致臨床上出現門脈高壓癥。
⑤肝占位性病變，主要見于肝腫瘤和肝膿腫，病變占據肝實質的一部分，并壓迫周圍的正常組織。
⑥肝血管系統損害，如肝硬變造成肝血流量減少和門靜脈高壓癥。此外尚有肝靜脈阻塞(巴德-基亞里二氏綜合征)和肝動脈梗塞等。