手術治療是治療感染性腎結石的重要措施，應勸病人盡早手術，但手術治療是有其適應癥的，它包括：①反復發作腎絞痛，估計不能排出或不能溶解的腎結石;小結石短期內未排出或直徑0.8cm以下者，腎功能良好和無明顯感染者，可采用中西醫結合內科治療，但對于腎結石直徑超過1cm者，非手術治療則較難排出。②合并嚴重梗阻，嚴重感染危及腎實質;尿路感染與梗阻互為因果，結石在梗阻和感染的情況下增大迅速，幾周內便可形成一鹿角形大結石。上述情況均應盡早手術取出結石，糾正梗阻，控制感染，有手術指征而延緩手術，術后結石復發率高，甚至失去腎功能。手術適應癥還包括急性梗阻性無尿或少尿、無功能的膿腎、結石引起的癌變等情況。
近10年來，由于手術術式改良，操作熟練，對大的腎結石和雙側鹿角形結石，更應該盡早手術，保存和改善腎功能。目前，絕大多數復雜性腎結石手術，均能夠通過廣泛剝離腎竇切開取石，手術損傷小。縱使個別需要做腎切開取石，術時阻斷腎蒂血管，采用靜脈注射肌苷(阻斷腎蒂前10分鐘、4～7分鐘內靜脈滴注肌苷2g，加入5%葡萄糖液40mL)或低溫，可保護腎功能。加上改良了的無萎縮性腎切開取石術式的開展，效果良好。當然，個別雙側復雜性腎石，全身情況差，估計術后難以改善腎功能和維持生命，便不能貿然施行手術。
近年來，有人提倡體外腎切開取石術，我們認為：本術式的病例極罕見，在一個有感染的腎臟切開取石作腎自體移植術，血管吻合處容易發生感染，造成術后血管意外，腎臟功能喪失，故采用本術式應慎重。
復雜性多發性腎結石，術后殘余結石高達20%。近年來，中山醫科大學葉任高教授研制的牛凝血酶加牛血漿凝固性腎盂切開取石術，大大降低了術后殘余結石的發生率。