在臨床上男性小便刺痛最可能就是非淋菌性尿道炎，尿道炎是男性生殖系統的感染疾病，主要是因為患者在日常的生活中沒有注意衛生而引起的。
男性小便刺痛——尿道炎
尿道刺痛，多是尿道炎征兆，日常男性遇到排尿異常如尿道刺痛癥狀一定要及早檢查診治，因為炎癥細菌可在尿道擴散就會直接影響排尿，這便成為引起尿痛的主要因素之一。
男人小便刺痛是男科常見的一種癥狀，最明顯的是尿道炎造成的小便刺痛。除了小便刺痛，尿道炎還有一些其他的癥狀，比如有燒灼感和排尿疼痛，少數有尿頻尿道口略微發紅。男性尿道炎病原體侵入尿道黏膜后，不斷繁殖、破壞鄰近正常組織結構引起前列腺炎、精囊炎、附睪炎、睪丸炎。患者晨起尿道口有少量粘液性分泌物或僅有痂膜口，或褲襠污穢及在小便時會出現尿流分叉的現象。有些患者需要用手用力擠壓才能有分泌物從尿道口溢出。癥狀與淋菌性尿道炎相似，但程度較輕。
尿道炎處理不當危害多
引起其它泌尿系統疾病
患者一旦得病，細菌常隱伏于尿道內，尤其為后尿道并進入尿道隱窩，尿道旁腺，尿道球部，前列腺及精囊部，也可侵入輸精管，附睪及睪丸，引起一系列并發癥，如膀胱炎、前列腺炎。急性尿道炎處理不當，甚至并發尿道旁膿腫，膿腫破潰可穿透陰莖皮膚成為尿道瘺。
可導致男性不育
因為炎癥引起尿道狹窄和尿道口的梗阻，如波及輸精管、附睪等時，可導致纖維組織增生、變形、瘢痕形成，造成輸精管道阻塞;并發附睪、精囊、前列腺等炎癥時，可影響精液質量，使精子成活率及活動力下降。