1.藥物治療。包括免疫制劑，抗病毒制劑，中藥制劑等多種藥物，只能輔助治療。
2.冷凍治療。液氮或二氧化碳干冰冷凍，使疣組織(即皮膚損害局部)壞死。冷凍治療的最大好處是局部去除疣體快，治愈率約70%左右，但復發率較高在30-70%。治療過程中會有局部紅腫，疼痛及水皰潰瘍反應。
3.手術治療。對帶蒂的較大、孤立的疣體可考慮手術切除。尖銳濕疣一般不主張手術切除，因為手術治療后，很容易復發，使治療失敗。但對帶蒂的、較大的疣體或疑有惡變者，可考慮手術切除。為防止復發，術后應該配合其他治療。
4.激光或者電燒治療。對表淺的濕疣合適;它的特點是見效快，在治療的當時，疣體即可脫。常用的是二氧化碳激光，燒灼疣體，一般1次即可使疣體脫落。但是，由于激光的光束過于集中的原故，激光治療只適用于疣體不太大的尖銳濕疣，如疣體較大，則不適合。燒灼創面恢復慢，遺留疤痕，復發率較高。激光治療見效快，但復發率也高。
5、光動力療法。光動力治療療效確切，清除率高，復發率低，安全無創，不留疤痕。最大的優勢是可以清除HPV亞臨床感染和潛伏感染病灶，顯著降低復發率。適用于尿道內，宮頸內，肛門周圍等各解剖部位尖銳濕疣的治療，特別適合治療反復復發的尖銳濕疣以及用其他療法治療無效的患者。或者配合其他治療方法進行綜合治療，是目前尖銳濕疣的理想治療方案。光動力治療雖然是目前比好好的方法，如果操作不好，效果也達不到，并不是說你做過多少次就能好，如果每次不成功那永遠好不了，光動力手術細節操作非常多，如過任何一個環節有問題都不會有結果的。另外尖銳濕疣治療過程中有些患者很疼痛，如果選擇無痛治療是最佳選擇，即治療了尖銳濕疣也沒有任何痛苦。