慢性腎功能衰竭、尿毒癥期就是大家通常所說的尿毒癥。尿毒癥是一種以多種代謝紊亂為特征的疾病，體內含氮代謝產物等有毒物質聚集。常表現為氮質血癥，血尿素氮和肌酐顯著升高，并伴有胃腸、神經肌肉和心血管系統的癥狀。尿毒癥的發病機制為多方面的，具體詳見以下介紹：
1、造血系統主要改變為貧血和出血。貧血原因：①嚴重腎組織損害時促紅細胞生成素產生不足。②體內蓄積的代謝產物，有些如酚及其衍生物可抑制骨髓的造血功能。另一些毒物如胍及其衍生物可縮短紅細胞生存期，加速紅細胞破壞并可引起溶血。③轉鐵蛋白從尿中喪失過多，造成體內鐵的運輸障礙。
尿毒癥病人常有出血傾向，表現為牙齦出血、鼻衄、消化道出血等。出血的原因：①毒性物質抑制骨髓，血小板生成減少。②有些病人血小板數量并不減少，卻有出血傾向。這可能是由于血液內胍類毒性物質造成血小板功能障礙，使血小板凝聚力減弱和釋放血小板第3因子的作用降低所致。
2、骨骼系統尿素癥時常有低血鈣。這可能由于：①腎排泄磷酸鹽功能下降，故血中磷酸鹽濃度升高，鈣濃度下降。②體內蓄積的磷酸鹽在腸內與食入的鈣結合成不溶解的磷酸鈣，使鈣吸收減少，排出增多。③1,25-二羥膽鈣化醇是維生素D在腸道內促進鈣吸收的活動形式，在腎內合成。慢性腎疾病時，1,25-二羥膽鈣化醇合成發生障礙，致小腸的鈣吸收不良，引起低血鈣。
長期尿毒癥時血鈣減少可引起甲狀旁腺功能亢進，因而引起骨組織普遍脫鈣，稱為腎性骨營養不良(renal osteodystrophy)，其形態與骨軟化(osteomalacia)和囊狀纖維性骨炎(osteitis fibrosa cystica)相似。