肛腸治療專家講，亞臨床感染可單獨或與典型損害并存，可用醋酸白試驗或甲苯胺藍試驗幫助診斷。對于潛伏感染可用原位雜交或聚合酶鏈式反應(PCR)證實。需要與之相鑒別的病常見的有下述幾種：
一) 扁平濕疣 肛腸治療專家講，為表現扁平的濕潤的丘疹，經常融合，基底不窄，可找到梅毒螺旋體，梅毒血清學陽性。
二) 女陰假性濕疣 又稱女陰尖銳濕疣樣丘疹，多見于青壯年。皮疹位于兩側小陰唇內側面，為群集不融合的魚籽狀或息肉狀小丘疹，觸之有顆粒感或柔軟感，淡紅色，較濕潤，一般無自覺癥狀，有的有輕度癢感。
三) 陰莖珠狀丘疹 多見于青壯年，為冠狀溝部珍珠狀半透明丘疹，白色、淡黃或紅色，呈圓錐狀、球狀或不規則狀，沿冠狀溝排列成一行或數行，甚或包繞一圈，無明顯覺癥狀。
四) 鮑溫樣丘疹病 皮疹常由多個色素性丘疹組成，也可單個出現，散在分布或有群集傾向，排列成線狀或環形，嚴重可融合成斑塊，發展緩慢(數月或數年)，本病為原位鱗癌，或由尖銳濕疣發展而來。本病女性稍多，分布部位主要在大小陰唇、肛周。
五) 皮脂腺異位癥 丘疹在粘膜內，無重疊生長，多為淡黃色。
六) 皮脂腺增生 淡黃丘疹，無蒂，無棘刺，無重疊，無融合。
七) 系帶旁腺增生 包皮系帶兩側成對排列的皮色或淡紅色丘疹，有的表面可見輕度棘刺狀。丘疹基底不窄，粟粒或針頭大，無明顯自覺癥狀。
八) 傳染性軟疣 肛腸治療專家講，單個不融合的皮色半球形丘疹，四周光滑，中心有臍凹，可擠出軟疣小體。
尖銳濕疣的診斷辨認多靠婦科治療專家的臨床經驗，尖銳濕疣多位于大小陰唇內側、陰道口及肛門部位，病變呈淡紅、鮮紅或暗紅色米粒大或豆粒大突起的疣狀增生物，疣體濕潤、柔軟，可單個或多個并存，有時呈菜花樣典型皮損。與尖銳濕疣相類似的疾患還有假性濕疣或絨毛狀小陰唇，后者多見于小陰唇內下側，刺狀突出物與陰唇顏色相仿，狀似天鵝絨一般，但病人多無癥狀，只是白帶增多。