門靜脈高壓病因各異，其發病原因迄今為止也仍未完全闡明，但門靜脈血流受阻是其發病的根本原因，但并非惟一原因。下面引用Bass&Sombry分類法進行介紹。
一、原發性血流量增加型
1、動脈-門靜脈瘺(包括肝內、脾內及其他內臟)。
2、脾毛細血管瘤。
3、門靜脈海綿狀血管瘤。
4、非肝病性脾大(如真性紅細胞增多癥、白血病、淋巴瘤等)。
二、原發性血流阻力增加型
1、肝前型：發病率<5%。
(1)血栓形成：門靜脈血栓形成;脾靜脈血栓形成;門靜脈海綿樣變。
(2)門靜脈或脾靜脈受外來腫瘤或假性胰腺囊腫壓迫或浸潤，或門靜脈癌栓。
2、肝內型：發病率占90%。
(1)竇前型
早期血吸蟲病、先天性肝纖維化、特發性門靜脈高壓、早期原發性膽汁性肝硬化、膽管炎、肝豆狀核變性、砷中毒、硫唑嘌呤肝毒性、骨髓纖維化(早期)、結節病、骨髓增生性疾病等。
(2)竇型/混合型
肝炎肝硬化、酒精性肝硬化、脂肪肝、不完全間隔性纖維化、肝細胞結節再生性增生、維生素A中毒、氨甲喋呤中毒、晚期血吸蟲病及膽管炎等。
(3)竇后型
肝靜脈血栓形成或栓塞、布-卡氏綜合征等。
3、肝后型：占1%。下腔靜脈閉塞性疾病、縮窄性心包炎、慢性右心衰、三尖瓣功能不全(先天性、風濕性)等。
門靜脈高壓發病機制較復雜，不同的原因可通過不同的途徑引起門靜脈高壓。理論上講，門靜脈壓力增高是由于門靜脈血流阻力增加和血流量增加所致，下腔靜脈壓力也可影響門靜脈血流阻力。但在正常人體，門靜脈-肝靜脈循環有高度的順應性，它能耐受巨大的血流變化而使門靜脈壓力變化很小，故門靜脈高壓首先是由血流阻力增加引起的，一旦門靜脈高壓出現，門靜脈血流量增加是維持或加劇慢性門靜脈高壓的一個重要因素。血流阻力增加可發生于門靜脈和肝靜脈系統的任何部位，由于門靜脈及其屬支均缺乏瓣膜，無論肝內、肝外門靜脈阻力增加均可使門靜脈系統壓力普遍升高，從而引起一系列血流動力學改變和臨床表現。血流阻力與血液黏稠度和血管的長度呈正比，與血管半徑的四次方呈反比。