大部分囊腫是由于卵巢的正常功能發生了改變而引起的，所以絕大部分卵巢囊腫都是良性的。那么，卵巢囊腫具體的病因是什么呢?
下丘腦-垂體-卵巢軸功能異常，臨床上很多患者和多囊卵巢綜合征患者的基本病理生理改變是卵巢產生過多雄激素而雄激素的過量產生是由于體內多種內分泌系統功能異常協同作用的結果。體腔上皮反復受經血激素或慢性炎癥的刺激可以化生為子宮內膜樣組織形成子宮內膜異位癥，80%的子宮內膜異位癥發生在卵巢與卵巢生發上皮的化生潛能有關，但目前很多學者認為腹膜刺激合并子宮內膜異位癥是果而不是因而且腹膜刺激都發生在異位灶以外的部位。
卵巢是卵子發育、成熟、排出的場所，而各個不同階段的卵泡在卵巢皮質，若卵巢遭受到破壞，使卵子發育、成熟及排出受損，就會導致不孕。卵巢囊腫屬于卵巢腫瘤的一種，其引起不孕的機制與干擾排卵功能有關。某些含有內分泌功能的卵巢囊腫，如卵巢甲狀腺瘤、卵巢顆粒—卵泡膜細胞瘤、睪丸母細胞瘤等，可因其所含腫瘤組織成分不同而產生某些相應激素，從而干擾了卵巢激素的正常分泌和排卵，出現閉經，子宮出血，多毛和不孕等癥狀。