在臨床上，痢疾的診斷主要依據患者的飲食史、病史、臨床癥狀與體征。此外，尚需結合實驗室檢杏和特殊檢查手段，以明確診斷，并指導臨床用藥。常用的實驗室檢查和特殊檢查手段主要有以下幾種：
1、糞便檢查：糞便檢查是診斷痢疾最常用的也是最便捷的檢查方法。病人一旦出現大便性狀的改變，應首先注重糞便檢查。糞便檢查時，應先觀察糞便的顏色、形狀和氣味等性狀。細菌性痢疾患者的糞便多為粘液膿血便，而阿米巴痢疾患者大便往往呈果醬樣，有腐臭。還需進行糞便涂片顯微鏡檢查和糞便細菌培養，以確定具體的致病菌株，協助臨床診斷，以指導臨床用藥。
2、鋇劑造影檢查和血管造影術：鋇劑灌腸造影檢聾主要適于結腸病變的檢測，但對疑有結腸穿孔、肛裂嚴重及腹瀉達到一日十余次者，則不宜用灌腸法。鋇劑灌腸造影檢查前應徹底清除腸內糞便，以免形成假象，干擾診斷。一般檢查前一日進少渣飲食，多喝水，晚上8點后不要再進食(最好前一日傍晚服輕瀉劑)，檢查前再做一次腸道清洗，經1～2小時待殘余的清洗液吸收后可行檢查。若行鋇劑與空氣雙對造影者，最好在醫生的指導下，采取飲食、飲水、瀉藥等綜合方法，而盡量不用清洗法。血管造影術是先往血管內注入液體造影劑，讓小腸的血管內充盈造影劑，然后利用數字減影X線技術(DSA)進行攝影，并通過計算機圖像處理后，可以從血管的異常征象推斷小腸出血部位及可能存在的腫瘤、炎癥及腸外情況。
3、內窺鏡檢查：自20世紀60年代光導纖維問世以來，各種纖維內窺鏡檢查迅速發展，我國自20世紀70年代起，結腸鏡及小腸鏡等日趨普及，與纖維胃鏡、十二指腸鏡等一道，成為診斷消化系統疾病的重要工具之一。內窺鏡檢查由于可直接觀察粘膜病變，故常用于痢疾等消化道疾病的鑒別診斷。但有些情況下不宜進行腸鏡檢查，如：嚴重心肺功能不全者，嚴重高血壓、腦供血不足、冠心病有嚴重的心律紊亂者，中毒性痢疾、暴發型潰瘍性結腸炎大量腹瀉便血者，腹腔或盆腔手術后腹腔內廣泛粘連者，妊娠及患有精神病不能合作者等等。