1、糞便檢查
糞便檢查包括便常規、便培養、蟲卵。糞便查便糞便性狀呈糊狀、稀便或水樣，量多或具惡臭，糞便中不含黏液、膿血或僅含脂肪時，常提示為小腸性腹瀉或肝、膽、胰腺功能低下性腹瀉;如糞便量少，含黏液、膿血時則多提示為結腸性腹瀉;糞便中發現原蟲、寄生蟲或蟲卵，又能排除其他原因時，可提示為原蟲、寄生蟲性腹瀉;糞便培養可分離出多種致病菌，對診斷有重要價值。
2、胰腺外分泌功能試驗
如懷疑腹瀉是胰腺疾病所致時，應進行胰腺外分泌功能試驗，如試餐試驗(Lundh試驗)、苯甲酰-酪氨酸-對氨基苯甲酸試驗(PABA試驗)及促胰泌素試驗等。
3、小腸吸收功能試驗
糞便中脂肪球、氮含量、肌纖維和糜蛋白酶含量測定
顯微鏡高倍視野下，脂肪球高達100個以上時(蘇丹Ⅲ染色法)，可考慮脂肪吸收不良;糞便中含氮量增加時，考慮系糖類吸收不良;糞便中肌纖維增多，糜蛋白酶含量降低時，都提示小腸吸收不良。
右旋木糖試驗
小腸吸收功能不良者，尿中D-木糖排出量常減少。放射性核素標記維生素B12吸收試驗(Schilling試驗)：小腸吸收功能障礙者，尿內放射性核素含量顯著低于正常。
4、呼氣試驗
多為14C-三酰甘油呼氣試驗。脂肪吸收不良者口服14C標記的三酰甘油后，由肺內呼出的14C標記的CO2減少，而糞中14C標記的CO2排出量增多。近年來開展較多的13C呼氣試驗可觀察糖類的吸收情況，對乳糖吸收不良亦有重要的診斷價值。此外還有14C甘氨酸呼氣試驗等方法。