1.基因遺傳
尿道下裂發病有一定的家族傾向，但所涉及的基因或染色體的具體情況尚不清楚。20%～25%的臨近病例中有遺傳因素，尿道下裂患者的兄、弟也患尿道下裂的幾率是正常人的10倍。有報道10%患兒的父親及15%患兒的兄弟中有尿道下裂。
2.內分泌因素
從胎睪中產生的激素影響男性外生殖器的形成。由絨毛膜促性腺激素刺激睪丸間質細胞在孕期第8周開始產生睪酮，再轉化形成雙氫睪酮。外生殖器的發育受雙氫睪酮的調節。睪酮產生不足、過遲，或者睪酮轉化成雙氫睪酮的過程出現異常均可導致生殖器畸形。尿道下裂常伴發于隱睪、兩性畸形就與此相關。母親孕前、孕期的激素應用對胎兒生殖系統的發育也有一定的影響。環境因素對尿道發育形成影響也主要是通過母親和胎兒的內分泌系統。
3.胚胎學因素
尿道下裂系胚胎期外生殖器發育異常所致。在胚胎期由于內分泌的異常或其他原因致尿道溝融合不全時，即形成尿道下裂。由于尿道遠端的形成處于最后階段，所以尿道口位于陰莖體遠端的尿道下裂占比例最大。