目前恐懼癥的病因尚不明確。研究表明，可能與遺傳因素、素質因素、生理因素以及心理社會因素等有關系。
1、遺傳因素
恐懼癥具有家族遺傳傾向，尤其影響到女性親屬。有研究表明，同卵雙生子比異卵雙生子的恐懼同患率更高。某些特定的恐懼癥具有明顯的遺傳傾向，如血液和注射恐懼。
2、素質因素
有學者認為患者患病前性格多為膽小、羞怯、被動、依賴及高度內向，容易焦慮、恐懼，并有強迫傾向等。如果自小就受到母親過多的保護，成人之后，也容易發生恐懼癥。
3、生理因素
有人發現恐懼癥患者的神經系統的驚醒水平較高，這種人很敏感、警覺，處于過度覺醒狀態。其體內交感神經興奮占優勢，腎上腺素、甲狀腺素的分泌增加。但這種生理狀態與恐懼癥的因果關系尚難分清。
4、心理社會因素
患者在首次發病前可能會有某種精神刺激因素，資料表明有近三分之二的患者都主動地追溯到與其發病有關的某一事件。19世紀初，美國心理學家用條件反射理論來解釋恐懼癥的發生機制，認為恐懼癥狀的擴展和持續是由于癥狀的反復出現使焦慮情緒條件化，而回避行為則阻礙了條件化的消退。即當患者遭遇某一恐懼性刺激時，當時情景中另一些并非恐懼的刺激(無關刺激)也可能同時作用于患者大腦皮層，兩者作為一種混合刺激形成條件反射，所以今后重遇這種情景，即便是只有無關刺激，也能引起強烈的恐懼情緒。然而部分患者并無曾受恐嚇的經歷，有些患者恐懼的對象經常變換，這些都是條件反射學說難以解釋的。