在臨床上，診斷肛瘺并不是很困難，但要正確地尋找到瘺管的走向、瘺管的內口卻是不太容易的。所以說，掌握正確的肛瘺檢查方法非常重要。
①肛竇鉤檢查：以窺器伸入肛門，可見有紅腫炎癥的肛竇，內口多在此處。用肛竇鉤反復檢查肛竇，不難找到內口。探時忌用暴力，以免穿破正常肛竇，造成新的感染內口。
②探針檢查：用探針從瘺外口伸入瘺管，食指伸入肛管，多數探針可在齒線處的內口穿出。對瘺道彎曲者，探針多不能順利穿過，切忌用力過猛，使探針穿破瘺管壁，造成新的感染。
③美藍標記：將一塊適中的紗布放置于肛門內，而后將5%的亞甲藍水溶液由外口注入瘺管，然后輕輕將紗布拉出，觀察內口的位置。爾后，用窺器擴開肛門，在齒狀線附近，著色最顯著處，以肛竇鉤或探針探查，多數可發現內口。
④其他：如X線檢查、肛管壓力測定等肛瘺檢查方法，較少用，有條件者也可采用。