確診肛瘺具體要做的檢查有兩種，歸納如下
1、影像學檢查：對臨床疑有肛管直腸膿腫或瘺管17例6例臨床上疑有膿腫，肛管超聲AUS檢查也有膿腫表現;另外82%(9/11)AUS查出有瘺管，而臨床常規檢查未能發現，Lunniss(1994)對比了AUS及磁共振成像檢查，認為前者對括約肌間瘺有時有確診價值，而無法確診括約肌外瘺及經括約肌瘺，而后者對復雜性高位肛瘺蹄鐵型肛瘺及臨床難以確診的疑難病例有絕對的優越性和準確率。
2、直腸指診：在內口處有輕度壓痛，少數可捫到硬結探針檢查，只在治療中應用一般不能作為診斷用，防止穿破瘺管壁造成假內口，X線造影自外口注入30%～40%碘油照相可見瘺管分布，多用于高位肛瘺及蹄鐵形肛瘺。