1、胃灼熱和反酸
胃灼熱是指胸骨后和劍突下燒灼感，多在餐后一小時出現，平臥、彎腰或腹壓增高時易發生，反流入口腔的胃內容物常呈酸性稱為反酸，反酸常伴胃灼熱，是本病最常見的癥狀。
2、吞咽疼痛和吞咽困難
有嚴重食管炎或食管潰瘍時可出現吞咽疼痛，是由酸性反流物刺激食管上皮下的感覺神經末梢所引起。反流物也可刺激機械感受器引起食管痙攣性疼痛，嚴重時可為劇烈刺痛，向背、腰、肩、頸部放射，酷似心絞痛。由于食管痙攣或功能紊亂，部分患者又可吞咽困難，且發生食管狹窄時，吞咽困難持續加重。
3、其他
反流物刺激咽部黏膜可引起咽喉炎，出現聲嘶，咽部不適或異物感。吸入呼吸道可發生咳嗽、哮喘、這種哮喘無季節性，常在夜間發生陣發性咳嗽和氣喘。個別患者反復發生吸入性肺炎，甚至出現肺間質纖維化。