慢性淋巴細胞性甲狀腺炎(CLT)的病因尚不清楚。由于有家族聚集現象，常在同一家族的幾代人中發生，并常合并其他的自身免疫性疾病，如惡性貧血、糖尿病、腎上腺功能不全等，故認為CLT是環境因素和遺傳因素共同作用的結果。環境因素的影響主要包括感染和膳食中過量的碘化物。近年來，較多的研究表明，易感基因在發病中起一定作用。

　　一、遺傳因素

　　CLT由遺傳因素與非遺傳因子相互作用而產生已成為人們的共識，甲狀腺自身抗體的產生與常染色體顯性遺傳有關，在歐洲及北美，CLT患者中HLA-B8及DR3，DR5多見，而日本人則以HLA-B35多見，徐春等用PCR-SSCP檢測30例漢族CLT患者的HLA-DQA1及DQB1位點的等位基因多態性，發現DQA1-0301的頻率明顯高于正常對照，推測可能是中國人發病的易感基因。

　　二、免疫學因素

　　免疫學因素導致甲狀腺受損的機制還不完全清楚，目前多傾向于以下幾種機制：

　　(1)先天性免疫監視缺陷，導致器官特異的抑制性T淋巴細胞數量和質量異常，T淋巴細胞可直接攻擊甲狀腺濾泡細胞。

　　(2)體液免疫介導的自身免疫機制，HK細胞可在抗甲狀腺抗體協同下攻擊甲狀腺濾泡細胞，當抗原抗體結合時，其復合物存在于靶細胞靶面，激活的HK細胞與抗體的Fc片段起反應，而殺傷靶細胞，這種抗體依賴性HK細胞所參與的細胞毒性反應，在CLT中是被甲狀腺球蛋白—甲狀腺球蛋白抗體復合物所激活，具有特異的細胞毒性而殺死甲狀腺濾泡細胞，此外，TPOAb本身就在甲狀腺組織中發揮細胞毒作用。

　　(3)與補體結合的抗甲狀腺抗體對濾泡細胞的溶解作用。

　　(4)先有淋巴細胞介導毒性，抗甲狀腺抗體對其起觸發和啟動作用。

　　(5)CLT患者常同時伴隨其他自身免疫性疾病，如惡性貧血，系統性紅斑狼瘡，類風濕性關節炎，Ⅰ型糖尿病，慢性活動性肝炎等，也證明自身免疫因素的存在。

　　三、環境因素

　　感染和膳食中的碘化物是CLT發生的兩個主要環境因素，Wenzel等用western blotting研究CLT患者血清中抗Yersinia細菌抗體時發現，這種抗體出現的頻數明顯高于非自身免疫性甲狀腺疾病患者與正常對照組，說明小腸和結腸感染Yersinia細菌與CLT的發生有關。

　　在碘缺乏地區或富含碘的地區，CLT的發病率均上升，說明碘在CLT發病中有重要作用，過量時，遺傳易感的動物可發生甲狀腺炎，但如碘在甲狀腺內不耗竭，可阻止發展成嚴重的甲狀腺炎，其機制尚未闡明，Rose等發現，飲食中添加碘，CLT的甲狀腺損害明顯加重，CLT發生率增加，甲狀腺球蛋白碘化后，CLT中T細胞增殖，主要的致病抗原-Tg自身抗原效力增加，全身免疫反應加重，可導致CLT。