腎盂腎炎是由各種致病微生物直接侵襲所引起的腎盂腎盞粘膜和腎小管，腎間質感染性炎癥，近年來發現，在一些腎盂腎炎患者的腎疤痕組織中存在病菌抗原，表明在腎盂腎炎的發病機理中，免疫性腎組織損害也可以是炎癥的原因之一。
全身性因素(10%)：
如糖尿病、高血壓、長期低血鉀、心力衰竭及許多慢性消耗性疾病易并發腎孟腎炎。有學者認為，除上行性感染外，腎孟腎炎還可經血液和淋巴道及附近臟器直接感染，與免疫也有一定關系。
雌激素分泌(20%)：
妊娠婦女雌激素分泌增多，輸尿管張力降低，蠕動減弱，導致尿路不暢，尿液反流的發生率較高，故妊娠期的尿路感染，多數為腎益腎炎。腎益腎炎多由膀胱炎上行感染所致，尤其膀脫-輸尿管返流，是上行感染的重要原因。
膀胱炎(20%)：
如未能及時或充分的治療，約有30～50%可上行引起腎盂腎炎。
尿路梗阻(15%)：
如尿路結石、腫瘤、狹窄、前列腺肥大及神經源性膀胱等，致使尿流不暢，局部抗菌能力降低，有利于感染及壓力增高，是腎孟腎炎的重要誘因。尿路梗阻者約60%并發腎孟腎炎。
腎實質病變(15%)：
如腎小球腎炎、腎囊腫、腎腫瘤及慢性腎小管間質性疾病。可使腎臟局部抗菌能力減退，易并發腎益腎炎。
由于女性尿道短，細菌容易侵入，感染機會多，故女性發病率比男性高8～10倍。女性尿道口有大腸桿菌存在，性交往往是引起感染的重要原因。