鑒別診斷動脈導管未閉需與其他足以引起心臟連續性雜音的疾病相鑒別。
(一)先天性主動脈-肺動脈間隔缺損為胎兒期主動脈隔發育不全，使主動脈-肺動脈間隔處留有缺損所致，其臨床表現類似大的動脈導管未閉，鑒別診斷極為困難。連續性機器聲樣雜音更響，位置較低(低一肋間)可作為鑒別診斷的參考，但并不很可靠。比較可靠的鑒別診斷方法是右心導管檢查時心導管由肺動脈進入主動脈的升部。逆行升主動脈造影見升主動脈與肺總動脈同時顯影。二維超聲心動圖見肺總動脈和主動脈均增寬，其間有缺損溝通，也有助于診斷。如發生肺動脈顯著高壓出現右至左分流而有紫紺時，其上、下肢動脈的血氧含量相等，這點與動脈導管未閉也不相同。
(二)主動脈竇動脈瘤破入右心由先天性畸形、梅毒或感染性心內膜炎等原因所產生的主動脈竇部動脈瘤，可侵蝕并穿破至肺動脈、右心房或右心室，從而引起左至右的分流。其連續性機器聲樣雜音與動脈導管未閉極相類似，但位置較低一二肋間。本病多有突然發病的病史，如突然心悸、胸痛、胸悶或胸部不適、感覺左胸出現震顫等，隨后有右心衰竭的表現，可助診斷。
(三)心室間隔缺損伴有主動脈瓣關閉不全本病可在胸骨左緣聽到收縮期和舒張期來往性雜音，與動脈導管未閉的連續性雜音難以鑒別。主要通過X線和超聲心動圖、心導管造影、選擇性心血管造影來鑒別。如做逆行性主動脈造影，可發現有主動脈瓣關閉不全。
(四)其它凡足以在左前胸部引起類似連續性機器聲樣雜音的情況，如冠狀動靜脈瘺、左上葉肺動靜脈瘺、左前胸壁的動靜脈瘺等，也要注意鑒別。