大便困難患者需要在醫生指導下進行常規檢查排除器質性病變，如肛門指檢、糞便隱血實驗、腸鏡等。
尤其是老年人、肥胖等患者在出現便血、貧血、消瘦、發熱、黑便、腹痛等警報癥狀時，更應該引起高度警惕，因為這些癥狀往往是結直腸癌、痔瘡、急性炎癥、腸息肉、炎癥性腸病等疾病的表現。
福州肛泰肛腸醫院專家指出
當檢查發現有腸道病變時，需根據病因治療。如果未發現問題，應考慮功能性疾病，可至大便困難專病門診就診，征詢專科醫生的意見，醫生會根據您的情況有選擇地進行下列特殊檢查。
結腸傳輸時間測定
是在早餐時隨試驗餐吞服20個不透X線的標志物，相隔一定時間后(如在服標志物后24小時、48小時、72小時)拍攝腹部X片。醫生會根據腹部X片上標志物的分布判斷大便困難的類型，它是大便困難分型的一種主要檢查方法。
肛門直腸測壓
可以檢測肛門肌肉的壓力及直腸的感知功能和直腸壁的順應性等，可判斷肛門壓力和感覺功能是否異常，它也是大便困難分型的一種檢測方法。
結腸壓力監測
是在生理情況下連續24、48小時監測結腸壓力變化。可測定結腸是否運動無力，對大便困難的治療有指導意義。
氣球排出試驗
是肛門有無排出障礙的篩選試驗。對檢查發現是陽性的患者，需要作進一步檢查。
其他還有排糞造影、盆底肌電圖、陰部神經潛伏期測定、肛門超聲內鏡等檢查，可以了解大便困難產生的原因。