有時微生物和宿主和諧共生共存或互不侵犯，常見于熱帶地區發源之病毒、某些昆蟲、猿、猴或其它物種，由于兩方在平衡中共同演化，通常宿主已具備相當程度之抵抗力。
同時這些微生物也演化出更有力的致病能力，但當這些微生物由長期共同演化的物種傳染至其它毫無抵抗能力之物種時，可能會產生疾病，卻對原先共存之物種不造成實質影響。
尤其當轉移的物種之間基因表現相似度越高，生物體內的辨識能力也較相似，此時受感染的機會也會大幅提升。
換句話說，對于新接觸微生物的物種若因此染病，則這個微生物對新的宿主而言是一種病原，對于原先共存之物種，這種微生物不造成疾病，則不為其病原。
多數人類新興傳染病及其傳播都與人為活動有關，由于環境受到改變，某些區域性的微生物可藉此取得新的生態平衡，甚至引發大流行。
病原毒力和傳染之間的關系相當復雜，而且也深深影響著病原的長期演化，由于微生物和宿主之間的共同演化出新病原需要時間。
在一般情況下，病原要找上先鋒的攻擊目標并非易事，通常需要直接地破壞環境平衡，或是藉生態變化，引發物種遷徙，甚至人為消滅之病原，可由實驗室演化后釋出。
通常首次流行時，由于醫療、公共衛生經驗不足，死亡率將最為嚴重，但若是快速致死的疾病，宿主很可能在病原開始蔓延之前死亡，而毒力對宿主生理運作的改變，也將影響傳播的結果，例如呼吸道感染可促使患者將病原咳至空氣散布，霍亂則可藉由爆炸性的腹瀉增加分布的面積。