腸結核確診應在腸黏膜組織中證實有結核桿菌的存在。如有下列情況，應考慮腸結核。
1.青壯年患者有腸外結核，尤其是開放性肺結核患者出現消化道癥狀，或原有病灶好轉后又復出現結核的全身表現。
2.臨床表現有腹瀉、腹痛、右下腹壓痛，也可有腹塊，原因不明的腸梗阻，伴有發熱、盜汗等結核毒血癥狀。
3.X線鋇餐檢查發現回盲部有激惹、腸腔狹窄、腸段縮短變形等征象。
4.結核菌素試驗強陽性。對高度懷疑腸結核的病例，如抗結核治療2～6周有效，可做出腸結核的臨床診斷。如病變在回腸末段及結腸者，結腸鏡檢查及活檢有助診斷和鑒別診斷。對診斷有困難者，主要是增殖型腸結核，有時需剖腹探查才能確診。