1、腹痛其它有腹痛、腹瀉、右腹腫塊的腸結核病例還應與慢性細菌性痢疾、慢性非特異性潰瘍性腸結核、慢性、慢性闌尾四面膿腫、腸套疊等相辨別。
2、右側結腸癌發作年齡比較大，常在40歲以上，無腸外結核證據，一般無結核毒性癥狀，病情呈進行性進展。
X線現象主要是回盲部鋇劑充盈缺損，涉及范圍局限，不累及回腸。腸阻塞癥狀比較早，纖維結腸鏡診斷可窺見腫瘤，在直視下活檢可證實結腸癌。
3、局限性腸炎本病的臨床癥狀與X線現象與腸結核相似，主要的不一樣在于病程一般比腸結核更漫漫，有減輕與復發的交替發生;X線征象主要在回腸末段，有邊沿不齊的線條狀陰影，腸曲病變呈分段分布，間以擴張的腸曲。腸阻塞、糞瘺等并發癥一般比腸結核更加通常，抗結核診斷無效。
4、判斷在重癥而比較晚期的病例，因有開放性肺結核證據，并伴有腹痛、腹瀉、發熱等癥狀，判斷一般無障礙。
初期判斷常因癥狀不分明和缺乏特點性，而易漏診。此時，臨床判斷的確立主要依靠胃腸X線診斷。
對疑似的腸結核病人可給予足量的抗結核藥物診斷兩周，觀察臨床癥狀有無好轉，以便明確判斷。對增生型腸結核病人，有時需要進行剖腹探察才干最后診斷。
5、纖維結腸鏡診斷一般不作為常規性診斷，如病變累及上段結腸，作纖維結腸鏡診斷及腸粘膜活檢能夠明確病變的性質和范圍。