典型病例的診斷一般無困難。但疾病早期，常因癥狀不明顯或缺乏特征性而易漏診。下列幾點可做為診斷本病的依據。
1、有病史
青壯年患者，原有腸外結核，特別是開放性肺結核，或與開放性肺結核患者有密切接觸史者;
2、有腹瀉、腹痛、便秘等
有腹瀉、腹痛、便秘等消化道癥狀，并伴有發熱、盜汗等全身癥狀;
3、腹部有腫塊
腹部檢查發現右下腹壓痛，或伴包塊，或出現原因不明的腸梗阻;
4、血液檢查
可有中度貧血，白細胞計數正常，淋巴細胞增高，血沉多明顯增高;
5、糞便檢查
糞便多為糊樣，一般不含黏液或膿血，常規鏡檢可見少量膿細胞和紅細胞。糞便濃縮找結核桿菌，陽性者有助于腸結核的診斷，但僅在痰液檢查陰性者才有意義;
6、X線檢查
鋇劑在病變腸段呈激惹征象，排空很快，充盈不佳，而在病變上下腸段的鋇劑充盈良好，回腸末段有鋇劑潴留積滯。病變腸道如能充盈，可見黏膜皺襞粗亂，腸壁邊緣不規則，有時呈鋸齒狀。也可見腸腔變窄，腸段收縮變形，回腸盲腸正常角度消失;
7、纖維結腸鏡檢查
一般不作常規檢查。如病變累及上段結腸，為了明確潰瘍的性質與范圍，則對診斷與鑒別診斷有很大幫助;
此外，在本病的早期，因癥狀多不明顯，診斷常有困難，有時X線檢查也呈陰性，因此在疑為腸結核的患者，應定期隨診或作診斷性抗結核治療。