腸結核好發于回盲部，依次為升結腸、空腸、橫結腸、降結腸、闌尾、十二指腸及乙狀結腸等處，偶有位于直腸者。
胃結核亦有報導，但極少見。 結核菌侵入腸道后，其病理變化隨人體對結核桿菌的免疫力與過敏反應的情況而定。當感染菌量多，毒力大，機體過敏反應強時，病變往往以滲出為主。
并可有干酪樣壞死并形成潰瘍，稱為潰瘍型腸結核;若感染較輕，機體免疫力(主要是細胞免疫)較強時，病變常為增生型，以肉芽組織增生為主，形成結核結節并進一步纖維化，稱為增生型腸結核。實際上兼有潰瘍與增生兩種病變者，并不少見，此稱為混合型或潰瘍增生型腸結核。
一、血象與血沉
白細胞總數一般正常，紅細胞及血紅蛋白常偏低，呈輕、中度貧血，以潰瘍型患者為多見。在活動性病變患者中，血沉常增快。
二、糞便檢查
糞便濃縮找結核菌，只有痰菌陰性時，才有意義。
三、X線檢查
X線鋇餐造影或鋇劑灌腸檢查對腸結核診斷具有重要意義。
四、纖維結腸鏡檢
可直接觀察全結腸、盲腸及回盲部的病變，并可行活檢或取樣作細菌培
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