如果多囊卵巢綜合征(PCOS)沒有得到很好的控制，疾病就會進行性發展，病情越來越重。遠期并發癥主要有兩個，一個是代謝綜合征，包括糖代謝和脂代謝的異常，糖代謝異常必然會導致糖尿病，而脂代謝異常則可引發很多問題，如血脂異常、冠心病、腦血管疾病等;另一個是子宮內膜癌，多發于40歲以上的婦女。
此外，多囊卵巢綜合征引起的另一個問題就是由于不排卵造成的不育。多囊卵巢綜合征患者若長期無排卵，雌激素長期作用于子宮內膜，可導致子宮內膜增生過長(增殖癥)，甚至子宮內膜癌。
有的患者排卵非常困難，而且病情頑固，難以進行促排卵治療，所以對這類患者的不孕治療也是一個世界性的難題。