小陰莖在臨床上并不罕見，它常是一些內分泌、遺傳性疾病的外在表現，是男性化不全的最常見體征，多由雄激素產生不足或靶器官不敏感所致，并且常伴發雙側隱睪、肥胖、尿道下裂、陰囊及睪丸發育不良等畸形，但也有一種小陰莖是因包皮過長或包莖導致。
診斷依據
這種疾病的診斷主要依靠其癥狀體征，患者一般包皮短薄，緊緊包住陰莖頭并與其粘連，限制了陰莖的發育，此時陰莖頭多有變形，結構堅韌。
其臨床表現可見陰莖外觀正常，即其長度與直徑的比值正常，拉直陰莖，測量恥骨聯合至陰莖頭頂端的距離為陰莖長度，其長度小于正常陰莖長度2.5個標準差以上即可診斷。
陰莖長度的測量方法
陰莖長度的測量應嚴格遵循規范，用拇指及食指提陰莖頭盡量拉直，使其長度相當于陰莖充分勃起的長度，充分拉直的陰莖長度與陰莖勃起時的長度近似，二者之間的相關系數是0.983。
用尺子測量從恥骨聯合至陰莖頂端的距離即為陰莖長度，對隱匿陰莖及蹼狀陰莖應盡量推擠脂肪及周圍組織。在小嬰兒用手指擠壓陰莖根部，造成靜脈回流受阻，海綿體充血后測量的陰莖長度更為可靠。
由于陰莖長度隨年齡增長而變化，因此測得數值后應與相應年齡的參考值比較。