肛瘺初期雖以流膿流糞、疼痛為主要癥狀，但長期不治，也會出現排便不暢的癥狀，而排便不暢癥狀的出現通常預示著肛瘺病情的復雜。
肛瘺的臨床癥狀比較多，最常見的有五種典型癥狀：
1.流膿是常見的肛瘺癥狀：膿液的多少，因瘺管的長短、大小而不同。新生成的肛瘺流膿較多，膿稠，味臭，色黃，以后逐漸減少，時有時無，呈白色，質稀淡。如忽然膿液增多，表示有新瘺管生成。有時外口暫時封閉，流膿停止，體溫上升，局部腫脹，再度形成膿腫。封閉的外口再穿破或形成另一新外口，又有膿液流出。內外瘺粗大者，有時糞便和氣體由外口流出。
2.肛瘺癥狀還表現在疼痛：如瘺管引流通暢，一般不感疼痛，僅感覺在外口部位發脹不適，行走時加重。
3.瘙癢：肛門周圍皮膚因分泌物經常刺激，感覺潮濕搔癢，可出現皮膚變色，表皮脫落。
4.排便不暢屬于常見的肛瘺癥狀：多見于蹄鐵形肛瘺，因瘺管圍繞肛管，形成半環狀纖維索環，因而影響肛門舒張，可出現排便不暢。
5.全身癥狀：一般肛瘺癥狀瘺常無全身癥狀，但復雜性肛瘺和結核性肛瘺，因病期長，有的帶病數十年，常出現身體消瘦、貧血、便秘和排便困難等癥狀;如繼發感染，再發膿腫時，則出現膿腫的癥狀。