肛瘺又稱“肛門直腸痿”，大部分肛瘺由肛門直腸膿腫破潰或切開排膿后形成。膿腫逐漸縮小，但腸內容物仍不斷進入膿腔，在愈合縮小的過程中，常形成迂曲的腔道，引流不暢不易愈合，日久后腔道周圍有許多疤痕組織，形成慢性感染性管道。中醫稱本病為“懸癰”、“坐馬癰”、“臟毒”等，多由肛管直腸周圍膿腫破裂，經久不愈而形成的肛門周圍的肉芽腫性管道。
肛瘺的主要癥狀有
1、肛門瘙癢：由于膿液不斷刺激肛周皮膚，常感覺瘙癢，肛周潮濕不適，皮膚變色、表皮脫落，纖維組織增生和增厚，有時形成肛門濕疹。
2、流膿：是肛瘺的主要癥狀，膿液多少與瘺管長短和多少有關，新生成的瘺管，炎癥反應大，流膿較多，膿液粘稠、黃色、有臭味;時間長久的排膿較少，或時有時無，膿液白色，稀淡如水;如忽然膿液增多，表示有新管生成。有時瘺口暫時封閉，不排膿液，可出現局部腫痛或體溫上升，封閉的瘺口又排膿。有的外口可排氣體和糞便。內瘺常有膿血由肛門排出，由于膿性分泌物不斷反復流出，患者常感到肛門處濕潤、內褲不凈，給生活帶來很大麻煩。與其他器官相通的瘺管有特殊癥狀。
3、排便不暢：這種癥狀是很多肛腸疾病的癥狀，如果復雜性肛瘺口久不愈，可引起肛門直腸周圍形成大的纖維化瘢痕或環狀的條索，影響肛門的舒張和閉合，這樣就導致了肛瘺患者排便困難，有便意不盡的感覺。
4、全身癥狀：在急性炎癥期和復雜性肛瘺反復發作時，可出現不同程度的發熱、或伴有消瘦、貧血、體虛等長期慢性消耗癥狀。
5、疼痛：瘺管通暢無炎癥時常不感疼痛，只感覺局部發脹和不適，行走時加重。當瘺管感染或膿液排出不暢而腫脹發炎時，可引起疼痛。內瘺時常感到直腸下部和肛門部灼熱不適，排糞時感到疼痛。