引起潰瘍性結腸炎的原因至今尚未完全清楚，可但是經過了大量臨床上的研究發現，又發潰瘍性結腸炎發生的主要原因還是和人們生活和飲食習慣有著密不可分的關系，接下來就讓我們具體的了解一下：
(1)感染因素
因本病的病理變化和臨床表現與細菌性痢疾非常相似，有些病例糞便中能培養出細菌，部分病例應用抗生素有效，因而認為感染是本病的病因。但多年來反復研究還未能直接找到感染微生物學的根據。在潰瘍性結腸炎的病人，約有0.5%一8.2%的病人由菌痢轉變而來，因此還有人提出可能與自身免疫有關。
(2)精神因素
由于精神障礙引起植物神經功能失調，隨之出現腸道運動亢進、肌肉痙攣、血管收縮、組織缺血、毛細血管通透性增加等，最終導致腸壁炎癥及潰瘍形成。
(3)遺傳因素
在歐美國家，本病的發病率較高，并有較明顯的家族性，種族間的發病率有明顯差異，所以有人提出本病可能與遺傳有關。
(4)大腸內酶的局部因素
腸壁分泌過多的溶菌酶、蛋白質分解酶等，破壞了粘液的保護作用，因而導致細菌的侵入，發生粘膜壞死。
(5)過敏反應
某些食物(如牛奶)可使少數病例病情復發。
(6)防御機能障礙
(7)自身免疫因素
由于本病常并發類風濕性關節炎、橋一本氏病、紅斑狼瘡等自身免疫性疾病，應用腎上腺皮質激素或其它免疫抑制劑治療有一定效果，因此提示本病很可能為自身免疫性疾病。